ようこそ実力至上主義の教室へ 2年生編

数学試験で満点を取った綾小路への注目が高まり、堀北は生徒会入りを求める。夏休みに全学年参加の無人島試験が告知されると、報酬と退学の危険を見据え、各クラスが有力な生徒を確保するために動き始める。

全学年が無人島で２週間のサバイバル試験に挑み、指定地点への移動や課題の達成で得点を競う。物資の確保と他グループへの警戒が欠かせない中、単独で動く綾小路は七瀬翼の同行を受け入れ、その目的を探る。

無人島試験が後半に入り、各学年の競争に月城理事長代理の思惑も絡み合う。高円寺を止めようとする動きや綾小路を巡る駆け引きが激しくなり、２週間に及ぶサバイバルの決着が近づく。

無人島試験後、生徒たちは豪華客船で夏休みを過ごすが、龍園は小宮を襲った犯人を追い始める。綾小路には３年生による監視が向けられ、南雲の変化に警戒しながら、一之瀬の告白への返答にも向き合う。

体育祭と初めての文化祭を控えた２学期、クラス全員の賛否が一致するまで投票を続ける特別試験が課される。単純に見える仕組みが生徒たちに重い決断を迫り、茶柱が抱えてきた過去の傷とも結び付いていく。

満場一致特別試験の余波で櫛田、長谷部、王が欠席し、堀北たちのクラスは体育祭の準備も進められなくなる。堀北と平田が仲間の復帰に奔走する一方、小野寺は個人の力が問われる競技で須藤との協力を目指す。

文化祭でメイド喫茶を開くため準備する堀北クラスに、協力関係を破棄した龍園が売り上げ勝負を仕掛ける。クラス内の不和が残る中、綾小路は自分のクラスに失望する神崎や、生徒会長の南雲にも働きかける。

北海道への修学旅行では、異なるクラスの男女が混成グループを組むことになり、綾小路は櫛田や龍園と行動する。観光やスキーの陰でクラス間の駆け引きが続き、須藤が堀北への告白を決意するなど人間関係も動き出す。

クラス全員が交代で100問を解く協力型の筆記試験で、堀北のＢクラスは坂柳のＡクラスと対戦する。次期生徒会長の選出も進むが、一之瀬は退会の意向を示し、鬼龍院を狙う万引き偽装事件まで発生する。

軽井沢がインフルエンザにかかり、綾小路のクリスマスの予定は変わってしまう。一人で過ごすはずの冬休みに各クラスのリーダーから誘いが相次ぎ、クラスメイトの間でも綾小路の隠された一面への関心が広がる。

３学期の幕開けに、４クラスが分野別の課題を相手に突き付ける特別試験が発表される。１位を逃したクラスはポイントを失うため、各陣営は相手の出方を読み合いながら、生き残りを懸けた攻防を繰り広げる。

３年生をリーダーに据えた学年混合の交流合宿で、綾小路は鬼龍院や橋本、椎名らと体験学習に参加する。退学やクラスポイントへの影響がない行事を利用して堀北は天沢への再挑戦を考え、各クラスも学年末へ向けて動き始める。

２年生最後の特別試験は、各クラスが選んだ３人の代表による勝ち抜き戦となる。内容が当日まで伏せられる中、龍園と坂柳は互いの退学を懸けた対決に臨み、クラスの未来を左右する決戦が始まる。

学年末の試験が終わっても、その結果や綾小路の行動への疑問は各クラスに残る。指導者としての自信やＡクラスへの執念が揺れ動く春休み、生徒たちは残された１年を見据え、次の選択に向き合う。