ようこそ実力至上主義の教室へ

卒業式と春休みを迎えた綾小路は、月城への対策と仲間との関係に向き合う。進級を前に一年生としての日々が幕を閉じる。

一年最後の選抜種目試験で、綾小路は退学の危険を負う司令塔を引き受け、坂柳率いるAクラスと対戦する。

生徒自身が退学者を決めるクラス内投票が課され、Cクラスは分裂する。一之瀬も仲間を守るため南雲との取引を考える。

坂柳が一之瀬を狙い、悪い噂が校内に広まる。神室から助けを求められた綾小路は、介入するかを見極める。

三学期は全学年を交ぜた合宿試験で始まる。退学の危険を抱えながら、綾小路たちはかつての敵とも協力を求められる。

冬休み、軽井沢は綾小路と佐藤のデートをめぐって心を揺らす。綾小路は新学期を見据え、他クラスや生徒会の情報を集める。

Dクラスの黒幕を探す龍園が軽井沢を追い詰める。同じ頃、綾小路は学校に現れた父から退学を要求される。

体育祭で注目を集めた綾小路の周囲に変化が起こる。Dクラスはペアで挑む期末のペーパーシャッフル試験へ備える。

全学年参加の体育祭でDクラスはAクラスと組む。須藤の活躍が期待される一方、堀北と仲間の対立を龍園たちが狙う。

特別試験を終えた生徒たちの夏休みを描く短編集。プールでの交流や堀北の災難を通して、試験中とは異なる素顔が見える。

船上で各クラスを混ぜたグループ試験が始まる。優待者を探る駆け引きの中、綾小路は軽井沢の抱える事情に気づく。

豪華客船の旅行が無人島試験へと変わり、Dクラスは限られたポイントと生活物資をどう使うかで試される。

Cクラスとの事件で須藤が停学の危機に陥る。綾小路は目撃者の佐倉愛里を調べ、一之瀬たちの協力も得て救済を図る。